作为一个为社会发展提供服务的民办非营利机构，东海圣时水晶博物馆实行理事会制度下的馆长负责制。

理事会：制订、修改博物馆章程；审议、监督博物馆业务发展规划、方针政策、财务预决算；审议和批准各项内部管理制度并监督制度的执行。

综合部：本馆行政、人事、财务、文书、档案、统计等工作；组织协调全馆业务、行政事务。

藏品部：负责博物馆藏品征集、管理、展览及相关工作。

展陈部：组织、策划、实施本馆基本陈列展、主题展、对外交流展览等。

社会服务部：负责观众的组织、接待、讲解工作；组织策划相关社会教育活动；负责博物馆之友、志愿者之家相关工作。

自媒体中心：负责博物馆对外宣传、营销；展览、活动宣传；负责博物馆自媒体号运营、短视频制作、直播等工作

文创开发部：负责博物馆文创产品开发、设计制作；负责博物馆线上及线下文创商店运营管理；

安保部：负责全馆文物、财产、观众及本馆社会综合治理工作；负责安防、消防设施设备运行及维护。

学术委员会：指导本馆业务工作长远规划和年度计划的拟定；指导重要藏品征集、借用；

指导重要陈列展览举办和引进；指导藏品处置意见的拟定；指导重点课题研究及成果推广。